Der Apfelwickler gehört zu den am häufigsten auftretenden Schädlingen in Obstgärten. Fast jeder Obstgärtner hat Erfahrungen mit den Maden des Falters gemacht, denn die Bekämpfung ist nicht einfach und vorbeugende Maßnahmen sind hier die beste Wahl. Die Maden werden ein bis zwei Zentimeter lang und fressen sich von der Schale bis zum Kerngehäuse von Äpfeln und Birnen durch. Anschließend ziehen sie in die Baumrinde um und überwintern dort in einem Kokon, den sie im nächsten Frühjahr als Falter verlassen.
Ein natürlicher Feind des Apfelwicklers ist der Ohrwurm, er vertilgt die Maden in großer Zahl und sollte daher nicht vertrieben werden.
Ordnung im Obstgarten hilft, einen Befall zu vermeiden. Heruntergefallenes Obst sollte daher schnell aufgehoben werden. Klebefallen können die Weibchen daran hindern, ihre Eier abzulegen, doch hier muss der Zeitpunkt genau abgepasst werden. Wenn der Höhepunkt der Flugaktivität erreicht ist und die Begattung bereits vollzogen wurde, ist die perfekte Zeit für die Klebefallen gekommen. Mit Pheromonfallen kann man den Zeitpunkt abpassen. Außerdem vermindert man mit den Fallen die Zahl der Begattungen.
In Fällen, wo bereits große Schäden abzusehen sind, kann ein selektives Virus helfen, doch dazu müssen die Maden noch außerhalb der Früchte sitzen.
Schlupfwespen als Gegenmaßnahme für die Made des Apfelwicklers haben sich nicht bewährt, da die Entwicklung der Schlupfwespen extrem von der Witterung abhängt und die Larven der Wespe sich nur bei idealer Witterung rechtzeitig in den Eiern der Apfelwickler entwickeln können.